过滤除菌是目前发酵工业中经济实用的空气除菌方法，它是采用定期灭菌的介质来阻截流过的空气所含的微生物，而取得无菌空气，常用的过滤介质有棉花、活性炭或玻璃纤维、有机合成纤维、有机和无机烧结材料等等。由于被过滤的气溶胶中微生物的粒子很小，一般只有0.5～2μm，而过滤介质的材料一般孔径都大于微粒直径的几倍到几十倍，因此，过滤机理比较复杂。同时，由于空气在压缩过程中带入的油雾和水蒸汽冷凝的水雾影响，使过滤的因素变化更多。当过滤介质孔隙小于或被过滤的微粒直径时，通常称为过滤。随着工业的发展，过滤介质逐渐由天然材料棉花过滤到玻璃纤维、细玻璃纤维和其他浇结材料的过滤介质及微孔超滤膜的过滤。目前，在许多发酵工厂运用膜材质进行空气除菌，获得了较好的效果。
